BAZNAS Provinsi Bali sebelumnya bernama BAZDA Provinsi Bali yang terbentuk pada tahun 2003 setelah ditetapkan dan diberlakukan Undang-Undang No 38 Tahun 1999 tentang Pengelolaan Zakat, tetapi belum dapat berjalan sebagaimana mestinya.
Pada tahun 2003 diadakan penyempurnaan kepengurusan BAZDA Provinsi Bali periode tahun 2003-2005 tetapi belum mendapat pengesahan dari Gubernur Bali sampai berakhir masa bhaktinya, sehingga tidak dapat beroperasi sebagaimana yang diharapkan.
Setelah menjalai pergantian pengurus (Fase ke III) periode tahun 2005-2008 BAZDA Provinsi Bali mendapat pengesahan dengan Surat Keputusan Gubernur Bali No. 321/01-D/HK/2005 tentang Penetapan Pengurus dan Keanggotaan Badan Amil Zakat (BAZ) Provinsi Bali.
Kemudian dengan berakhirnya masa bakti kepengurusan BAZDA periode tahun 2005-2008 diadakan pergantian dan penyempurnaan struktur kepengurusan BAZDA Provinsi Bali periode tahun 2009-2012 dan mendapat pengesahan Gubernur Bali dengan Surat Keputusan No. 1.000/05-I/HK/2009 tentang Pembentukan dan Susunan Kenaggotaan Pengurus Badan Amil Zakat Daerah (BAZDA) Provinsi Bali periode 2009-2012.
Dengan ditetapkan Undang-Undang No. 23 Tahun 2011 tentang Pengelolaan Zakat, maka BAZDA Provinsi Bali berubah menjadi BAZNAS Provinsi Bali dengan susunan dan struktur kepengurusan yang baru sesuai dengan Undang-Undang No. 23 Tahun 2011 tentang Pengelolaan Zakat jo PP No. 14 Tahun 2014 tentang Pelaksanaan Undang-Undang No. 23 Tahun 2011 tentang Pengelolaan Zakat. Adapun kepengurusan yang baru tersebut masih dalam proses pengesahan Gubernur Bali, tetapi telah melaksanakan langkah-langkah operasional mulai bulan Agustus 2015
Dalam operasionalnya BAZNAS Provinsi Bali dibantu oleh Unit Pengumpul Zakat (UPZ) yang tersebar di berbagai instansi tingkat Provinsi Bali sehingga dapat melaksanakan berbagai macam kegiatan dan berusaha mengelola dana ZIS agar dapat memberikan manfaat yang maksimal kepada masayarakat (terutama para Mustahik) di daerah ini, sebagai salah satu refleksi dari motto BAZNAS Provinsi Bali saat itu yaitu “Meningkatkan Harkat dan Martabat Umat melalui Zakat”